经过上一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇，打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽在逃亡途中被枪杀。为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中

故事聚焦在《复仇者联盟4：终局之战》中，另一时空拿走空间宝石（SpaceStone）的洛基，描述他作为一名恶作剧之神和变形者的身份，现身在人类历史中的多个时期，影响着历史事件。